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glevesque
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 Posté le: Sam 13 Jan 2007 8:08 am Sujet du message: L'origine des Eucaryotes et Boom du vivant |
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Salut
Épissage et Origine des Gènes de Développement
Ce schéma représente quatre époques, qui peut-êtres associés à l’évolution des gènes de développement et de différenciation cellulaire. A chaque étape qui a impliqué une mutation majeure des gènes de développement ou de différenciation cellulaire, il en a résulté une correspondance étroite avec une explosion de la biodiversité des organismes vivant sur terre. Ce boom a été presque immédiatement suivit d'une sorte de grande décimination (1), causée par la pression sélective des espèces et un peut de contingence ! Un peut comme le phénomène qui sait produit pour le nombre de phylum des arthropodes (trilobites / crustacés / araîgnées / insectes) qui a explosé tout d’un coût au Cambrien, mais dont un seul embranchement a survécu au fil du temps et qui existe toujours de nos jours (les équilibres ponctués de Stephen Jay Gould).
Au début (les premier 500 millions d’années) la terre était un environnement extrême (8 ) ! Milieu qui était propice aux développements des organismes, comme les Archéobactéries (discussion associée : Les Archéobactérie et leurs milieux extrèmes). Si on se base sur l'aspect évolutif de l'ingénirie génétique (paléogénétique), qui sont axées sur les gènes de réplication (étape 1 sur le schéma) et les gènes de développement ( différenciation, polarisation, segmentation, homéotique) (3-9), représenté par les étapes 3 et 4, et également sur l’évolution parallèle des différents mécanismes d’épissages de l’ARNm (6-10-13-14) et des interupteurs épigénétique (contexte environnemental). On peut supposé que l'ancêtre des cellules (comme LUCA), devait dupliquer son ADN de manière contigu (sans intron) ou presque, un peut comme le fait la plupart des bactéries actuelles (ARN polycistronique). L’origine des phénomènes d’auto-épissages des introns du groupe I (découvert en 1960), qui son associé sur l’activité auto-catalytique des Ribozymes des pré-ARNr, remonte peut-être à cette époque (et peut-être même au tout début de l’invention de la réplication cellulaire). Ce mécanisme d’auto-épissage serait en fait l’ancêtre des autres mécanismes d’épissages, soit l’épissage alternatif des ARNm nucléaire des cellules Eucaryotes, qui implique le complexe Spliceosomes (snRNP = ribonucléoprotéiques) (2-10)), et de l’épissage auto-catalytique du groupe II des procaryotes (impliqué surtout comme rétrotransposons) (13). Ce dernier serait à son tour, l’ancêtre de l’épissage alternatif des Eucaryote (14).
On peut supposer également, que différent facteurs endogène ou exogène de mutation, ont agient directement sur les gènes de réplications, ou sur d’autres gènes qui étaient alors associés aux différents mécanismes génétique de différenciation (gène du lactose chez les bactéries) et de coordination (facteur de transcription par exemple), lors de la transcription et de la duplication de l’ADN. Ou encore lors de processus de transfère horizontaux (comme chez les bactéries actuelle qui s’échange des morceaux d’ADN) ou de transposition (gène sauteur ou transposons). Ces différents mécanismes mutationnels (5), ont put modifier ou altérer l’expression des gènes de réplication cellulaire. La ou les cellules ancestrales ayant subi(en)t de t’elle mutation, ont alors donnés naissance à différentes lignées ou souches évolutives, dont une branche qui sait orienté vers les ancêtres des Eubactéries à l’ARN polycistronique, et une autre vers les ancêtres des Archéobactéries à ARN monocistronique ou morcelé. Avec l’ARN monocistronique, est né le véritable mécanisme d’épissage (6-10) des ARNm (groupe II). Les Eubactéries et les Archéobatéries, auraient hérité de leurs ancêtre commun, des introns de groupe I auto-catalytique (Ribozymes).
Un peut plus tard, une nouvelle souche d’Archéobactérie aurait subit une autre forme de mutation, sur son matériel génétique. Mutation qui aurait favorisé les phénomènes membranaire et cytoplasmique d’endosymbionte. Cette branche aurait évolué par la suite vers les Urcaryotes (ancêtres des Eucaryotes) (Mereschkowski)(8 ). L’étape 2 du schéma illustre cette étape. Différentes Archéobactérie auraient capturées des procaryotes en différentes occasions, dont certains auraient développés une forme de symbiose avec leurs hôtes (comme les ancêtres des mitochondries et des chloroplastes). Certains phénomènes environnementaux, comme l’augmentation de la concentration de l’oxygène moléculaire dans l’atmosphère (vers 2.2 Ga), émit lors de la photosynthèse effectuée par les cyanobactéries, sont peut-être à l’origine de ce processus d’adaptation, ou de son accélération. De cette symbiose serait apparue les Urcaryotes, qui auraient donnés naissances par la suite aux cellules à noyau de type Eucaryotes, vers 1.4 Ga. Avec les Eucaryotes, nous assistons à la naissance des ARNm de type nucléaire, dirivant de toute probabilité des introns du groupe II des Archéobactéries (14). Ces derniés vont participer et favoriser, un peut plus tard, le développement des gènes de segmentations et homéotiques.
Les différentes formes évolutives des mécanismes d’épissages, que nous retrouvons chez les procaryotes (groupe I et II), ne sont peut-êtres pas étrangées à cette forme de symbiose entre les ancêtres des Archéobactéries et des Eubactéries. Le tout aurait peut-être dût disparaître par la suite, par manque d’équilibre dynamique (pré-ARNm fragile) dut à la pression sélective de l’époque. Mais peut-être que certains facteur environnementaux ou de contingence, en auraient décidés autrement (chute de météorite ou autre). Favorisant du même coût, l'émergence et l'évolution de ce grand facteur de diversification génétique. Puisque que les mécanismes d'épissages sont impliqués dans la variabilité des protéines de retranscriptions (2-10), et donc de grand facteur d'adaptation (un gène plusieurs protéines/fonctions).
La première explosion de la vie sur terre, a donc commencé avec LUCA (?), elle fut la première véritable souche de cellule vivante, à faire l’acquisition de mécanisme de réplication cellulaire stable et transmissible entre les générations. Un peut plus tard (quelque millions d'années) une branche se divise en 2, pour donner naissance aux premières Eubactéries (probablement l’ancêtre des bactéries actuelle) avec leur ARN polycistronique, et aux (pré- ?) Archéobactéries avec leurs gènes de type morceler (qui possède des introns de groupe I et II). Le deuxième boom de la vie sur terre, survient à l’étape 2 du schéma, lors de la fusion et de la symbiose d’Archéobactéries avec différents types d’Eubactéries. Les organismes résultant de cette fusion, vont désormais ce séparer de la branche évolutive principale des pré-archéobactéries, pour former les ancêtres des eucaryotes (cellules animale et végétale avec noyau). Les Eucaryote marque la naissance des tous premiers protistes sur terre, qui sait produit entre 900 à 750 Ma.
Cette étape marque également la naissance des gènes précurseurs de différenciation cellulaire (gènes de polarité ou gènes maternels). Certains protistes Eucaryotes ce regroupe en colonie, et communique entre eux, via des molécules chimique (facteur de morphologie externe, et début de l’expérimentaion des gands plan d'organisation pluricellulaire), des axes de différenciations (11) qui sont portés sur leurs différentes activités métaboliques et biochimiques plus spécialisée. Les différents processus d’épissages poursuivent leurs évolutions, tout en favorisant une coopération de plus en plus accrût avec le reste du matériel génétique. Il ce développe à la longue, une synergie en forme de boucle résonnante ou récurente, qui est portée sur les affinités biochimiques retranscriptionnelles (facteur de transcription virtuel et interupteurs épigénétique) de forme complémentaire, et ceci à travers l'activité de transcription de l'ADN vers la maturation des ARNm (épissage-excision). Différentes mutation ont sûrement favorisées de t’elle phénomènes à cette époque reculée du protérozoique (site génétique traduisant les protéines d'épissages), et peut-être effectué à partir même des gènes de réplications (mutation/transposition).
Cette évolution va ce diriger par la suite, vers les gènes qui sont impliqués dans la segmentation, lors du développement des métazoaire. Comme les gènes de polarité (impliqué dans le grand axe antéro-postérieure et dorso-ventrale), le gène paire rule (voir schéma) et les gènes de parité segmentaires (axé sur la répétition des segments) (3-9). Ils vont faire leurs apparitions et donnés naissances aux tous premiers organismes métazoaires (organisme multicellulaire). Ces organismes présentes quelques axes de différenciation cellulaire morphologique (comme les méduses, les éponges et les corraux). C'est le début et le boom des premiers métazoaires à corps mous de la faune d’Édiacara, vers 700-600 Ma.
La quatrième et dernière étape, qui est représenté sur le schéma, marque l’évolution des gènes homéotiques (3-9). Ces dernier détermine la spécialisation des différents segments d’un organisme, lors du développement embryonnaire. Cette étape est associée au boom et à l'explosion de la variété biologique, qui c’est produit au début du Cambrien (début du phanérozoique), situé à 543 Ma. Cette période géologique est associé à la croissance des grands plans d'organisation des organismes vivant (phylum). Comme par exemple l'explosion de la variété des arthropodes de cette époque. Plus d'une vingtaine d'embranchement d'Arthropode ont existés au cambrien inférieur, mais juste une a évolué jusqu'a notre époque, et une dizaine de phylum d'animaux différents ont également disparut de la surface du globe à cette même époque ! (1)
A chaque étape qui ont marquées l’évolution des gènes de réplication et de développement, mais aussi sur l’évolution du gènes qui sont impliqués dans les phénomènes de l’épissage de l’ARNm (6-10) qui leurs sont directement associés. La terre à subit un boom dans la croissance de sa diversité biologique, et chacune d’elle a été immédiatement suivit par la suite, dans un intervale de quelque millions ou millier d’années, d'une perte par décimination d’une empleure tout aussi comparable. Les différents mécanismes de d'évolution-adaptation, portés sur la pression sélective naturelle des espèces, en est la cause principal, mais a tout cela il faut aussi ajouté certaine notion de contingence. (mécanisme de décimination comme les chutes de météorites, grande activité volcanique lors de la collision des plaques tectonique entre autre). Les gènes de développement de segmentation et homéotique, ont donc été favorisé par l’évolution des différents mécanismes d’épissage des ARNm. Du type I de l’ancêtre commun, vers le type II des Archéobactérie, puis vers les processus de maturation des ARNm nucléaire, qui est directement sous le contrôle de l’activité génétique (facteur de transcription).
1 – La vie est belle, Stephen Jay Gould, Édition du Seuil 1991
2 - Les microARN, une nouvelle classe de régulateur de l’expression génétique. (Caroline Hartmann/ Fabienne Corre-Menguy/ Adnane Boualem/ Mariana Jovanovic/ Christine Lelandais-Brière)
http://www.erudit.org/revue/ms/2004/v20/n10/009336ar.html
3 – Les gènes de segmentation
Définitions :
- Le gène homéotique se caractérise par une séquence nucléotidique commune à tous les gènes homéotiques : l'homéoboîte. Le gène homéotique code pour une protéine appelée homéoprotéine.
- L'homéoprotéine est un facteur de transcription codé par un gène homéotique. Elle possède une séquence en acides aminés
commune à toutes les homéoprotéines : l'homéodomaine.
- L'homéoboîte est une séquence de 180 paires de base nucléotidiques qui code pour l'homéodomaine.
- L'homéodomaine est une séquence de 60 acides aminés dont la conformation tridimensionnelle reconnaît spécifiquement des régions régulatrices de certains gènes.
http://www.ac-reims.fr/datice/svt/docpedagacad/lycee/sciencvie/genetique/genedevelop/genesegmen.htm
4 - Développement embryonnaire et gènes sélecteurs, Michel Delarue
http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/homeotique/homeo0.html
5 – Les modification du matériel génétiques (type de mutation/altération)
http://formation.etud.u-psud.fr/biologie/genetique/mutations/index.htm
6 - LA TRANSCRIPTION CHEZ LES EUCARYOTES ET LES MODIFICATIONS POST-TRANSCRIPTIONNELLES CHEZ LES EUCARYOTES
http://spiral.univ-lyon1.fr/polycops/BiologieMoleculaire/BiologieMoleculaire-9.html
7 - Biochimie
http://perso.orange.fr/vincent.masson/bioch/index.htm
8 - les théories de fusion et d'endosymbioses
http://cgdc3.igmors.u-psud.fr/microbiologie/Chap01_06.htm
9 – Gènes de développement (description des trois catégorie comme 3)
http://quasimodo.versailles.inra.fr/inapg/drosozone/gp07/fgp07p01.htm
10 – Spliceosomes
http://fr.wikipedia.org/wiki/Spliceosome
11 - Le cycle kystique de Sterkiella
Processus d'Enkystement et gène de différenciation
http://www.umr8080.u-psud.fr/bc4new/fr/kystebilan.htm
et
http://www.umr8080.u-psud.fr/bc4new/fr/morphobilan.htm
12 - L'inné et l'acquis dans le comportement animal : deux gènes responsables du comportement sexuel
chez la drosophile, Françoise Ibarrondo
http://www.snv.jussieu.fr/vie/dossiers/compgene/compgene.htm
13 – Structure et activités in vitro des introns de groupe II (G. Bassi, M. Costa, F. Michel)
http://www.cnrs-gif.fr/cgm/michel/index.html
14 - Les introns de groupe I / II sont les précurseurs de ribozymes plus complexes
http://www.biochimie.univ-montp2.fr/licence/interact_adn/arn/page10.htm
15 - Ces gènes qui façonnent la forme des animaux
http://www.futura-sciences.com/news-decouverte-genes-controlant-developpement-membres_9931.php
16 - Description des gènes de développement :
Axe antéro-postérieur chez la drosophile et Plante
17 - Épissage chez Wilipedia
18 - Le point sur... les gènes homéotiques
| Citation: |
| D’autre part, cette définition ne s’applique pas aux végétaux : les gènes entraînant des phénotypes homéotiques chez les végétaux ne possèdent pas l’homéoboîte |
Gilles
Dernière édition par glevesque le Ven 09 Nov 2007 5:04 pm; édité 5 fois |
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glevesque
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| Posté le: Sam 13 Jan 2007 8:12 am Sujet du message: |
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Salut
Je résume !
Suite a un stimulit, l'ARN polymérase de type 2 (1=ARNr et 3 = ARNt et sARN) et son complexe protéinique de transcription composée d'une vingtaine de protéines, traduit une chaine d'ADN (de manière continu) en ARN (pré-ARNm) a partir d'un site d'accrochage (TATA), qui donne accés a un promoteur/amorce sur la molécule d'ADN. Cette pré-ARNm, réagit par la suite avec des protéines qui sont associé a d'autre petite molécules d'ARN (Spliceosomes = snRNP ribonucléoprotéiques et Small ARN). Ce processus d'épissage est directement associé a certaines propriété biochimique du complexe, et coupe l'ARN initiale en des endroits bien spécifique (épissage-excision), partie de l'ARN non codante ou intron. Cela change les données de la traduction initiale (l'ARN n'est plus une copies contigue, mais rapiécé ou modifier), le code et les relations de parité (les vis-à-vis en base ACTG et U pour l'ARN) entre les base nucléiques de l'ADN et de l'ARNm n'est plus symétrique avec la mélocules de l'ARN pré-messagé de départ d'avec l'ADN initiale (car ayant subit l'épissage et perdu des morceau).
L'ARNm sort du noyau et s'associ avec les ARNt (en codon de 3 base et acide aminé chacun) et rejoints les ribozomes et pour y être traduite en protéine. Certaines de ces protéines seront impliqués dans les processus de développements. Celles-ci peut agirent comme protéines d'initiation (facteur de transcription) avec une zone du protmoteur de l'ADN, et dont l'activité sera de controler l'expression de plusieurs autres gènes, et a chaques étapes, tout le processus de transcription/traduction doit-être refait.
Jusque là tout va bien ! Mais au cours de l'évolution, certains emplacement de l'ADN qui sont impliquer dans tout ses différents processus, ont subit des mutations et des variations (délétion etc.). Certaine de ses variations-mutation ont impliquées les gènes qui sont associés aux phénomènes d'épissage, variant du même cout le processus de controle des gènes architèques (et donc du phénotype segmentaire (développement) après adaptation). Ainsi les cellules agissent directement sur les différents facteurs environnementaux (interupteur épigénétique) à partir de l'évolution/adaptation de leurs complexe d'épissage a usage sélectifs.
Un mutation sur l'ADN peut aussi êtres à l'origine de tout ça ! Mutation impliquant alors directement les protéines qui sont impliquées comme facteur de transcription pour les gènes de développement ou les gènes de développements eux-mêmes. Alors je me demandes si ça ne serait pas plutot les gèness qui sont impliqué dans les différents processus d'épissage, qui serait en fin de comptes, les véritable facteurs de l'évolution de la variété phénotypale inter-espèce, a savoir l'expression des gènes de segmentations et homéotiques. Ce que j'appelle une sorte de synergie évolutive co-génétique entre ADN et ARN.
Gilles
Dernière édition par glevesque le Lun 07 Mai 2007 12:22 pm; édité 1 fois |
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glevesque
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gab
Chroniqueur
Inscrit le: 10 Jan 2007
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| Posté le: Lun 15 Jan 2007 3:16 pm Sujet du message: |
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Bonjours
Extrem,ement intéressant 
Bravo excellent dossiers
chaos |
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glevesque
Chroniqueur
Inscrit le: 13 Jan 2007
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| Posté le: Mer 29 Aoû 2007 12:39 pm Sujet du message: |
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Salut
Le processus s'éclaircis :
Des procaryotes aux eucaryotes le phénomène d'épissages a évolué du type 1 à 3 (pour les eucaryotes) ! L'épissage est aussi relié à l'épigénitique dans son évolution, par son association d'interface entre la production des ARN pré-messager via les molécules d'ADN et l'activité de leurs polymérase et l'environnement, il s'agit d'une activité d'équilible chimique adaptationnelle qui relie le milieu interne de l'activité génétique de synthèse des protéines à l'environnement immédiat qui englobe et dans lequel beigne la structure génétique, leurs influence mutuelle permet une adaptation et un feelback plus rapide pour l'évolution des organisme vivant via des ajustements qu'établit l'épissage à travers ses activité de maturation des ARN pré-messager vers les ARN messager. Voilà donc un nouveau niveau de coopération génétique inductionnelle !
L'épissage est un phénomène qui emplifit le feelbak sous une forme de résonance coopérative sur la traduction génétique par rapport à l'évolution et à l'adaptation sélective des produit protéiniques et enzymatiques découlant des gènes de base, face à leur milieu ! Il y a donc eu un phénomène biochimique de rétroaction sur la traduction génétique (de l'ADN aux ARN messager) mis en branle par l'épissage, agissant en quelque sorte comme une interface entre le milieu génétique et le milieu extérieur. C'est le fruit de l'activité indirecte de l'épissage, qui rétroagit sur la maturation des molécule d'ARN aprèes leur traduction à partir des gènes, qui est réellement responssables des pression sélectives et de l'adaptabilité.
Ce mécanismes peut aussi bien être a l'origine de l'évolution des gènes de développement (gène architèque et gène de segmentation). Résultant d'une bifurcation mutationnelle de l'appareillage génétique impliquer dans certaines forme de mécanisme d'épissage, mais cette fois ci au lieu de controler les processus de rétroaction enzymatique sur la maturation des ARN messager, ce dernier aurait évoluer vers un mécanisme de feelback directe sur l'expression (activation) génétique pouvant controler (par processus de résonnance fonctionnelle de l'activité génétique et enzymatique) l'activité de plusieurs autres gènes (via des facteur de transcription spécifique) dans une suite cohérentes relié a la concentration de leurs produits d'activité individuelle, formant ainsi par différents processus d'activité diriger et controlé biochimiquement des complexe génétique relié au gènes de développement. (voilà en gros le résumer de ma thèse)
Donc il est tout a fait possible d'immaginer que ce phénomène aurait put participer à l'origine à l'évolution des métazoaires !
En fait il s'agit d'une hypothèse sur l'origine de la biodiversité effectuer a partir de l'évolution des phénomène d'épissage (bactérie, Arché et eucaryote moniste) qui aurai bifurqué vers l'élaboration des gènes architeques des métazoaires, et qui a caractérisé les différents boom du canbrien et de l'émergence des différents philums !
Les introns et certain exons implique dans la synthèse des protéines du complexe d'épissage aurait put aussi participer a l'évolution de se schéma de la variabilité épigénétique de la diversité de l'activité adaptationnel du génomes ! (réorganisation des brin d'ADN, Transposon, transfère horizontaux et etc...) qui par rétraction positive sur l'ADN, ou de certains segnement de ce dernier, aura favorisé un retourne d'action pouvant controler certaines expression de d'autre gènes par une sorte de mécanisme d'auto-interférence redondant (voir la fonctionnalité du complexe hox a cette effet) !
Gilles
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Croire c'est bien, mais comprendre c'est encore mieux !
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André
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| Posté le: Dim 02 Sep 2007 10:06 pm Sujet du message: |
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SAlut a tous
Merçi gille pourton texte tres bien expliquer
Pour donner suite a ceci;
| Citation: |
| L'épissage est aussi relié à l'épigénitique dans son évolution, par son association d'interface entre la production des ARN pré-messager via les molécules d'ADN et l'activité de leurs polymérase et l'environnement, il s'agit d'une activité d'équilible chimique adaptationnelle qui relie le milieu interne de l'activité génétique de synthèse des protéines à l'environnement immédiat qui englobe et dans lequel beigne la structure génétique, |
Parcontre , la présence du noyau, caractéristique des eucaryotes, entraîne un découplage entre transcription et traduction. Ceci permet des niveaux de régulation supplémentaires.
- Elles ont la possibilité de faire des endocytoses, ce qui permet des échanges supplémentaires avec le milieu extérieur, mais aussi des régulations supplémentaires.
- Ces cellules peuvent se différencier et donner naissance à des organismes pluricellulaires.
Ils ont une grande diversité au niveau du métabolisme (mais moindre que chez les bactéries) et de leur fonctionnement au niveau moléculaire. Je vous renvoie aux cours de biologie moléculaire, biochimie et microbiologie de maîtrise pour approfondir vos connaissances sur le sujet.
On peut aussi consulter le cours de microbiologie eucaryote qui donne un aperçu de la diversité des eucaryotes "simples".
amicalement
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Etrange époque où il est plus facile de désintégrer l' atome que de vaincre un préjugé.
Einstein, Albert, |
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glevesque
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| Posté le: Lun 03 Sep 2007 1:23 pm Sujet du message: |
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Salut Albert
| Citation: |
| Parcontre , la présence du noyau, caractéristique des eucaryotes, entraîne un découplage entre transcription et traduction. Ceci permet des niveaux de régulation supplémentaires. |
Effectivement, il s'agit d'un mécanisme extrèmement complexe, qui semble bien vouloir indiquer une sorte d'évolution qui aurait bifurcé bien avant l'avenue des eucaryotes (et qui leurs aurait donné leurs caractéristique évolutive de feelback par la suite), ou cellules à noyau !
Et aussi il est vrai qu'il faut bien visualiser les deux type d'appareillage relié aux processus de bio-synthétique génétique entre cellules à noyau ou non, d'avec les eubactérie et Arché. Je vais y revenir sur ce sujet que je doit revérifier !
Mais j'ai l'impression que le tout c'est mis en branle bien avant LUCA (les prémisses des type biosynthètique), et que par la suite par plusieurs type d'association/compétition/coopération (de pseudo organelle ou sous unité) le tout a divergé vers les Arché et les Eubactérie avant de resubire (peut-être a cause de l'augmentation de la teneur en oxygène vers 2.4 g années) des processus d'endosymbiontes pour donné les premier Urbactérie qui sont les premier ancètres des eucaryotes a partir d'Archéo plus ancienne (cellules a noyau) avant de diverger vers les monistes (protophye/protozoaire) et les métazoaire par la suite ! Le noyau était peut-être une bactérie spéciale et ancienne qui aurait été assimilé par une arché ou une ancienne branche des urcaryotes par endosymbiontes !
Mais effectivement (mais que je sois rendu a ce chapitre), je devrai revérifier le tous sur les différences entres les mécanismes de base sur la traduction génétique de ces type cellulaire qui caractérise les branches du règne du vivant !
Gilles
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Dernière édition par glevesque le Mer 17 Oct 2007 7:29 pm; édité 1 fois |
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glevesque
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| Posté le: Mar 04 Sep 2007 4:02 pm Sujet du message: |
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Salut
Je poste des liens concernant la question soulevé par Albert !
Les cours de l'option Biologie Moléculaire I
La traduction et ses biais
La synthèse des protéines chez les procaryotes
http://ist.inserm.fr/BASIS/elgis/fqmat/atelier/DDW?W%3DDOC_NUM+%3D+61%26M%3D2%26K%3D49%26R%3DY%26U%3D161
| Citation: |
| La différenciation cellulaire ne se fait en effet pas par suppression de l’information génétique qui n’est pas nécessaire à la cellule (une coordination par rétrocontrole lié a la communication sous forme pseudo épigénitique dans une communauté cellulaire étroitement associé sur leurs feelback génétique), mais par inactivation des gènes correspondants. Ainsi, dans toute cellule, certains gènes sont inactivés (« éteints »), d’autres activés (« allumés ») ou encore en route vers le pluricellulaire (c'est moi qui souligne) ! Diverses molécules jouent le rôle d’« interrupteur » en se fixant (ou pas), sur des séquences d’ADN spécifiques situées de part et d’autre des gènes. Durant les tout premiers stades du développement d’un embryon, chacune des cellules souches qui le constituent est capable de devenir n’importe quel type cellulaire spécialisé (ces cellules sont dites totipotentes). Lorsqu’une cellule est engagée sur la voie de la différenciation, le phénomène est réversible durant les premiers stades, mais devient ensuite irréversible. Une cellule entièrement différenciée ne peut pas revenir au stade embryonnaire ni se transformer en un autre type de cellule. |
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glevesque
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glevesque
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glevesque
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| Posté le: Mar 16 Oct 2007 11:48 pm Sujet du message: |
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Salut
La vérité sur "l'ADN poubelle"L'ADN humain est composé de 3,3 milliards de paires de bases mais seul 1,5% de ce potentiel serait utilisé pour la synthèse des protéines de l'organisme tout entier. Le reste du génome, soit 3,25 milliards de paires de bases, était considéré jusqu'alors comme de "l'ADN poubelle", sans fonction significative. Désormais ces chercheurs viennent de montrer, sur une partie représentative du génome, que même les ADN non-codants sont presque tous transcrits en ARN, qui ont en outre des fonctions non négligeables: les ARN non-codants régulent très spécifiquement l'expression protéique. Ainsi, si une protéine est trop ou trop peu produite dans une cellule, l'équilibre est déplacé et des maladies peuvent survenir. Animal ou végétal ? Le génome d'une algue modèle livre ses secretsChlamydomonas qui retient l'attention des scientifiques: il s'agit d'une véritable mosaïque évolutive, combinant des caractéristiques clairement "végétales" et d'autres typiques des animaux. En tant que plante, le séquençage de Chlamydomonas éclaire de façon originale l'évolution du règne végétal, de l'aquatique au terrestre, de l'unicellulaire au pluricellulaire. La comparaison avec d'autres génomes d'algues et de plantes a déjà permis de dresser un catalogue de nouveaux gènes impliqués dans la photosynthèse et la biologie du chloroplaste. En revanche, d'autres gènes, et pas seulement ceux liés aux flagelles, sont plus proches du répertoire des animaux. Citons par exemple toute une série de nucléotide cyclases, des enzymes qui sont essentielles chez les animaux pour de nombreuses voies de signalisation intra- et intercellulaires. De nombreuses sélénoprotéines sont également présentes chez Chlamydomonas: elles comportent dans leur séquence un acide aminé rarissime, la sélénocystéine. Il s'agit là d'une propriété très ancienne des eucaryotes, qui n'a été conservée que dans certaines lignées, parmi lesquelles Chlamydomonas et les vertébrés. La transformation génétique naturelle chez la bactérieDécouverte chez S. pneumoniae (le pneumocoque), pathogène humain majeur, vecteur de méningites, otites et pneumonies, la transformation naturelle bactérienne consiste en l'intégration d'ADN d'origine externe dans le génome de la bactérie receveuse. La transformation est considérée comme une forme de parasexualité (1) réduite à sa forme la plus simple, l'un des partenaires étant la bactérie, et l'autre de l'ADN présent dans le milieu extérieur. Eléments de classification des protozoairesLes zooflagellés sont les ancêtres des animaux, les phytoflagellés sont les ancêtres des plantes. Les Euglènes (Euglena) ont un flagelle tracteur, et sont à la fois des algues (elles effectuent la photosynthèse en présence de lumière) et des animaux (en l’absence de lumière, elles perdent leurs chloroplastes et se nourrissent de matière organique). Arché et Parenté
Quels facteurs? Nous commençons tout juste à découvrir qu’il s’agit de diverses protéines, clairement parentes des «facteurs de transcription» eucaryotiques, à telle enseigne qu’en laboratoire on peut parfois remplacer avec succès les protéines archéobactériennes par des «facteurs de transcription» eucaryotiques. Sur ce point fondamental de la vie de toute cellule, les archéobactéries ressemblent donc indubitablement aux eucaryotes. (convergence ou divergence homologue) Le vent souffle sur l’arbre de l’évolution des animaux
Un indice pour expliquer la fameuse " explosion " du Cambrien Selon une étude menée par trois équipes de chercheurs français (du Centre de génétique moléculaire du CNRS à Gif-sur-Yvette), britanniques et américains, publiée dans la revue Nature (24 juin 1999), l'ancêtre de l'ensemble des animaux à symétrie bilatérale possédait déjà un système complexe de gènes de développement
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El Kabong
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| Posté le: Mer 17 Oct 2007 3:55 pm Sujet du message: Maaagnifique! |
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Salut Gilles,
Si tu continue comme ça et que les "créationnistes" prennent le pouvoir, tu es manifestement destiné au flammes du bûcher.
Ne t'inquiète pas, nous brûlerons ensemble!
Santé!
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Le mystère de la conscience?
Données erronnées.
Résultats significatifs. |
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glevesque
Chroniqueur
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| Posté le: Mer 17 Oct 2007 4:58 pm Sujet du message: |
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Salut
C'est qu'il y a une différence que les créationnisme ne comprenne pas encore, c'est que le tout qui est relié au désign intelligent, découle en fait de l'éssences des choses et non de leurs surface qui fait interagirent ces même choses et qui caractérise le monde matériel ! Les surfaces découle en fait de lois plus basique et plus spirituelle d'ou origine leurs essence et qui exprime la volonté de dieu, mais ce qui en découle par les interactions de la surface de ses éssences d'origine spirituelle et que nous interprétons par les champs d'excitation quantique d'énergie dans le monde physique et matériel, sont tout a fait à la compréhension de l'homme, et cela s'appel la science. La science, CAD celle qui cherche réellement et non celle qui extrapole et oriente à outrance vers des discours à prémisses réductionnisme, est l'outils donner à l'homme via son intellecte pour comprendre les volonté de ce dieu qui sa manifeste dans notre monde matériel !
La matière cependant découle seulement et uniquement de ses phénomènes interactionnels qui sont axées sur des excitation de champs d'énergie, et dieu désire que l'on cherche à mieu le connaitre et à mieu le comprendre, et c'est pour cela qu'il nous a doté de raison et de rationnalité crétique relié à l'esprit de dicernement et de synthèse annalytique que seul notre entendement (objets d'induction d'apriori et de subjectivité) peut aborder et appréhender, cela s'appelle la conscience face à son interogation d'elle-même et sur elle-même explicitement.
Donc la surface des choses est accessible via la science et est à la porté de l'homme !
Science et Dieu se complète, car le premier est notre interprétation sur ce qui nous semble objectif et le second est le fait que l'on puisse se posé la question et qui est d'origine relié plutot aux essence des choses (émergence par immanence ou encore transcendente) et non de la substance en elle-même, et ceic jusqu'à la preuve du contraire qui n'est pas praite de venir de si tot !
Autrefois la science était associé a la sagesse, mais ou est-elle cette sagesse de la science de nos jours, car les deux se sont séparer pour mieu s'affronté, mais affronté quoi au fait, et bien l'esprit d'orgueil de gouroutisme !
Gilles
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glevesque
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| Posté le: Mer 17 Oct 2007 5:24 pm Sujet du message: |
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Salut
Je cherche le nom et la famille des protozoaires qui aurai été la source de biffurcation des eucaryote animal et champignons, et aussi des eucaryotes végétale (chloroplaste).
Si vous avez des informations là dessus, n'ésiter pas a me fournir des liens
Merci !
Gilles
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glevesque
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| Posté le: Mer 24 Oct 2007 12:44 pm Sujet du message: |
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Salut
Une veille discussion sur le sujet chez futura science :
http://forums.futura-sciences.com/thread99402.html
A cette époque les intervenant (dont piwi) m'avait induit en érreur sur l'aspect non homologue des gènes hox (voir le point 9), de nos jours nous savons qu'il le sont (voir : Comment les pattes viennent au Serpent de Lambert et Rezsohazy, Champs Flammarion 2004) (8 gènes hox chez la mouche drosophile et 39 chez la souris et l'homme divisé en 4 complexe contre 1 pour les arthropodes, voir la page 153)
Résumer :
1 - Concepte de Multistabilité (page 89, et étant le sujet principale du livre sur la plasticité, très bon !) (homéostasie élargie/épigénétique/épissage alternatif (page 133 sur la diversité des assemblages modulaire des protéines avec les introns))
2 - Boucle de rétroaction et régulations croisées sont dans le monde vivant des thèmes récurrents qui permettrent de coordonner, d'ajuster, d'adapter, de maintenir la cellule, l'organisme, la population en harmonie avec les fluctuations du milieu extérieurs. (page 69-70)
3 - Gènes hox bicoid (facteur de transcription Hunchback-Kruppel-Knirps-Giant, rétrocontrol par gradient de concentration croisée antério-postérieur et gène Gap et pair-rule Even-skipped) (page 79-83)
4 - Un facteur de transcription (à effet extracellulaire) pourrait donc agie comme une hormonne a effet locale (page 87)
5 - L'ADN humain est truffé de transposons (page 117), qui se recopit par transcription inverse (nommé rétrotransposons et similaire au rétrovirus (page 121) qui compte pour 45% du génome (page 117) et observation d'un premier cas observé de saut d'un rétroélément humain chez un enfant atteint d'hémophilie, alors que les parent avaient des copies intactes. Certain (Short INtersperced Element (SINE)) sont exprimer en condition de stress (page 121)
6 - L'activité des transposons peut être néfaste pour l'espèce qui les héberge, car les incersions dans le génome peuvent entrainer l'inactivation des gènes indispenssables à l'intégralité des fonctions cellulaires (page 123/152 pour antennapedia). Pas bon pour aussi les PGM donc lors des incersion aléatoire ! Si cela affecte les gènes de développement des gamètes reproductive, et bien métamorphose il y aura (c'est moi qui souligne) !!!!!!
7 - Les facteur de transcription des Bilatéria ont une origine commune (page 146 et 156)
8 - les homéodomaine sont concervé a travers les phylum (page 140 et suivante)
9 - Si on compare les complexes homéotiques des mammifères à celui de la drosophile, on constate que l'agencement des gènes homéotiques au sein de ces complexes a été concervé. Cette observation renforce l'idée que les complexes homéotique de la drosophile et des mammifères on une origine commune. Il y a même corrélation sur la position des gènes au sein du complexe et de leur temporalité d'expression (page 152)
Alors que les grandes classes de facteurs de transcriptions et de molécules de signalisation sont concervées et se retrouve dans toutes les lignées Bilatéria, les modes de développement embryonnaire précoce, quand à eux, sont très variés et parfois très différents d'un groupe à l'autre d'animaux. Ainsi il est remarquable de constater que les gènes homéotiques remplissent des rôles homologue chez des organismes qui, au départ, se développe de manière différentes et qui présentent in fine des formes extrêmement variées. Si les gènes actuelles ont été concervés, ainsi que leurs fonctions, leur implication dans la diversification des formes provient de ce qu'ils prennent part à des réseaux de régulation différentes. Lapparition de nouvelles formes, sur une base de gènes architectes homologue, reposerait ainsi entre autres sur l'établissement de nouvelles relation régulatoires.
10 - La différenciation cellulaire est sous le controle épigénétique (page 211)
Gilles
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glevesque
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| Posté le: Mar 30 Oct 2007 12:46 pm Sujet du message: |
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Salut
Ostréococcus tauri, ancêtre des plantes (Algue verte)Le génome du plus petit organisme eucaryote libre, Ostréococcus tauri, vient d’être séquencé par un consortium de laboratoires de recherche français et belges, auquel participe l’INRA. L’intérêt suscité par cette algue planctonique unicellulaire s’explique par sa place au tout début de la chaîne évolutive conduisant vers les plantes supérieures que nous cultivons. De ce fait, cette famille d’algues vertes partage avec les plantes beaucoup de mécanismes physiologiques et moléculaires. S’intéresser aux gènes conservés entre ces algues « primitives » et les plantes supérieures, et à la manière dont ils ont évolué, donne des pistes pour mieux comprendre la fonction et la régulation des gènes homologues chez les plantes. A cet égard, cette algue pourrait jouer vis-à-vis des plantes le même rôle que la levure vis-à-vis des animaux.
Ancètre des Champignons : choanoflagellés
Cyanobactéries ancétre des chloroplastes.
Actinobactéries (gram +) ancètre des mitochondries
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gab
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| Posté le: Jeu 01 Nov 2007 2:06 am Sujet du message: |
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Bonsoir
Tres, tres bon ton sous-forums gilles
Bravo pour ce travail colossal
tchaos |
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glevesque
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glevesque
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| Posté le: Jeu 01 Nov 2007 3:07 pm Sujet du message: |
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Salut
Référence : ici
PS : J'ai eu le maleur de prendre la pillules rouge !
Le problème concerne une sorte de rétroaction (survenut a quelque part entre les ancètres des Arché et des Urbactérie) entre un transcrit et son épissage qui aurait favoriser une sorte de boucle rétroactive et de rétrocontrole sur l'ADN.
Je m'explique :
Mon propos est le suivant :
A partir des phénomènes d'épissage, il y aurait eu un jours une sorte de mutation sur un gènes normale (délission, ponctuelle ou via un facteur épigénitique ou autre !). Cette mutation aurait favoriser une sorte de dérèglement du transcrit lors de la maturation du pré-ARN post transcriptionnelle. La traduction en protéines de ce ARNm (ou par une feelback directe du transcrit, je ne le sais pas encord) aurait favorisé une situation de feelback et donner naissance au tout premier facteur de transcription des gènes de segmantation (gènes de parité segmentaire et hox avec leurs complexe).
J'interprète le tout, comme une sorte de déréglémentation de l'activité génétique par une sorte de boucle rétroactive ayant le pouvoir d'intéragire et de rétrocontroler l'activité de certains gènes (gènes hox) par des déclancheurs relié a certains concentration des produits d'activité de ses gènes (fonctionnement de controle et de rétrocontrole des gènes hox actuelle) !
Je dis aussi, que l'émergence des phénomènes d'épissages et de leurs évolution (type 1,2,3 procaryotes/eucaryotes pour 3) ont été le facteur principale pour l'émergence des métazoaire (et donc des phylums) ! En plus, et oui (versus), les phénomènes d'épissages seraient l'agent ou le facteur principale de l'évolution de par leurs corrélation avec les homéostasies interne et externe et via les facteur de controle ou de pression épistémologique environnementale (vecteur d'équilibre sur le dynamisme adaptative et la pression sélective des espèces). Car en fait ce n'est pas le transcrit qui est traduit, mais bien le rétrocontrole qu'il subit lors de sa maturation via les mécanismes d'épissages, dont la base est hériditaire !
Une sorte (et oui, encore versus !) de couche supperposé de la dynamique génétique, mais axées sur ses relation étroites avec son environnement !
Est-ce plus claire comme ça !
Gilles
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glevesque
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| Posté le: Sam 03 Nov 2007 5:34 pm Sujet du message: |
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Salut
Les gènes de segmentation hox
Définitions :
- Les gènes homéotique (hox, 39 chez l'homme) se caractérise par une séquence nucléotidique commune à tous les gènes homéotiques : l'homéoboîte. Le gène homéotique code pour une protéine appelée homéoprotéine.
- L'homéoprotéine est un facteur de transcription codé par un gène homéotique. Elle possède une séquence en acides aminés commune à toutes les homéoprotéines : l'homéodomaine.
- L'homéoboîte est une séquence de 180 paires de base nucléotidiques qui code pour l'homéodomaine.
- L'homéodomaine est une séquence de 60 acides aminés dont la conformation tridimensionnelle reconnaît spécifiquement des régions régulatrices de certains gènes (elle si insert pour activité la transcription).
http://www.ac-reims.fr/datice/svt/docpedagacad/lycee/sciencvie/genetique/genedevelop/genesegmen.htm
Distinction et coodination :
Gène a effet maternel (bicoid, nanos et etc...) active les gènes GAP dont les facteur de transcription (en terme de concentration) active les gènes père rule qui a leur tour active les gènes de polarité segmentaire qui finalement a leurs tous active les gènes hox qui sont axée sur l'identité fonctionnelles des segments, il controle et coordonnes aussi les facteur de différenciations cellulaire de ses segmants.
Mon sujet est donc axée sur la recherche des processus génétique qui pourrait-être l'ancètre de tout cela. C'est pour cela que j'ai orienter mes recherche sur les conséquences possible, pouvant résulter sur le plan fonctionnelle et dynamique de l'évolution des phénomènes d'épissage (1-2-3) des procaryotes vers les type d'intron eucaryotes et l'épissage de type nucléaire et alternatif, comme condition éssentiel a l'émergence des gènes de développement et de segmentations !! (sous forme de rétroaction positive sur le controle et la coordination (relié a l'épigénétique) de d'autre gènes, ou d'un feelback tout simplement)
Maintenent, est-ce une bonne piste, et bien cela on le verras par la suite et je vous pose d'ailleur la question, est-ce une bonne piste ?
Gilles
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glevesque
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| Posté le: Dim 04 Nov 2007 5:46 pm Sujet du message: |
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Salut
Je cherche aussi a savoir quel sont les différents séquence d'encrage sur l'ADN, soit pour les différents type de promoteur de L'ADN polymérase, de l'ARN polymérase. Les facteur de transcription sont-ils toujours représenter par TAAT comme séquence d'amorcage par exemple ?
Je cherche aussi a savoir si les site d'encrage des ARNr (site d'autocatalyse), ARNt sont différents a partir d'une sorte de catégorisation de leurs site actif d'avec les acides aminés (par le coté (codons) qui relit l'ARNm a l'ARNt), lors de la présentation de ceux-ci par l'ARNt à L'ARNr autocatalytique ?
En fait je me pose la question a savoir si tout les sites actif utiliser lors de la transcritpion ou de la traduction, aurait été subdivisé ou catégorisés pour regroupper leurs différents paramêtres d'activité et type d'action préférentiel sur l'ADN et l'ARN ? (une sorte de classe d'activation des processus de transcription/traduction)
En fait je me pose bien des question ?
Je crois qu'au contraire la question se pose. L'origine découle t-il d'une mutation sur un gène quelconque, qui aurait par la suite servit après épissage de facteur de transcription (a comparer avec leurs homologue bactériens si il existent bien ?). A quoi corresponderait ou servait ce gène ancètre, peut-on le retrouver chez les procaryote ou les protistes d'origine plus anciennes. Ou s'agit-il d'une mutation d'un gènes qui aurait par la suite favoriser l'épissage alternative, via la production des protéines qui rentre dans les complexe des Splecieosome (snRNP = Ribonucléoprotéines ---> snARN + Protéines ) ou de leurs origine. Et qui par la suite aurait favoriser l'association (une sorte de boucle de rétrocontrole) des complexes relié aux facteur de transcriptions (nucléoprotéines = snARN + protéines (plus de 20 sorte dont certains son générale et 7 spécifique)) favorisant leurs incersion dans le grand sillion de l'ADN, pour activé ensuite l'expression et le controle.
Ce schéma d'origine marquerait une forme de corrélation ayant survenut en même temps (un vecteur de dissipation innitial ayant converger par la suite et reliant épissage alternative et gènes de développement des métazoaires, via un phénomène épigénétique initial) que les êtres métazoaire (les premier morphogène de développement), soit a partir des gènes a effet maternel pouvant coordonner par la suite la synchronisation des tout premier facteur protéinique de transciption et en relation avec l'homéodomaine. Premier stade de la coodination des morphogène dont découle par la suite toutes les phases de développement (comme pour l'origine de la bilatérarité par le gène à effet maternel Bicoid) par boucle de rétoaction et de rétrocontrole sur la dynamique relié a certaines concentration croisé des facteurs de transcription relié au développement. La bilatéralité est subvenut plus tard au cours de l'évolution et a partir de certains gènes (mutation) des organismes a symétrie radiaire (entre 1 Gans a 800 millions d'années) !
C'est soit l'un ou l'autre, a moins que je me trompe !
Gilles
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glevesque
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glevesque
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| Posté le: Ven 09 Nov 2007 4:07 pm Sujet du message: |
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Salut
J'ai enfin trouver une confirmation INDIRECTE de mon hypothèse
La Génétique Moléculaire Vie Réellement un Changement de Paradigme
Impliquant de plus en plus les ARN comme Support à l'Information et au
Travail Génétique et Épigénétique et Fonctionnant En Parralèles avec l'ADN !
Rosine Chandebois, une réforme de la théorie de l'évolution
Gilles
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glevesque
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| Posté le: Lun 12 Nov 2007 3:03 am Sujet du message: |
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Salut
Épissage des transcris des gènes homéotique
| Citation: |
| Le gène pb peut générer par épissage alternatif quatre isoformes protéiques modifiant l'environnement adjacent de l'homéodomaine au sein de la protéine pb. Par une approche transgénique in vivo nous avons pu démontrer que les différentes isoformes pb ne sont pas équivalentes fonctionnellement. L'étude in vitro de l'interaction des isoformes pb avec les séquences cibles Antp nous a permis de révéler que celles-ci reconnaissent des séquences identiques avec des affinités similaires mais ne présentent pas les mêmes propriétés de coopérativité de fixation à l'ADN. Ceci suggère que les parties de la protéine différenciant les isoformes, modifient les interactions protéine-protéine de pb. L'expression ectopique de pb par un transgène induit une transformation homéotique des antennes en papilles maxillaires (pièces buccales). Plusieurs mutations ponctuelles du transgène permettant une réversion de ce phénotype, ont été isolé précédemment. Deux d'entre-elles situées dans l'homéodomaine, modifient radicalement la spécificité fonctionnelle de la protéine pb. L'une se comporte comme une perte de fonction tandis que l'autre provoque une disparition spécifique des yeux chez l'adulte. |
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glevesque
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| Posté le: Mar 13 Nov 2007 4:14 pm Sujet du message: |
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Salut
Je crois qu'il est temps de faire une synthèse de tout ça !
Je vais refaire le schéma avec tout les mise à jours, et cette fois-ci le tout sera développer selon les arbres philogénétique actuelle (combinant systématique et cladistique) !
Tout y sera aussi mieu expliquer, car depuis 2 ans je n'est tellement apprit que je métrice maintenent un peut mieu le sujet, et le tous (processus) deviens de plus en plus claire ! Je développerai le sujet en cherchant a corrélé l'évolution de la vie par ces principales étape avec les gènes de développement et de segmentation pour les phylums des métazoaire (eucaryote animal et végétale), l'endosymbiontes pour l'émergence des eucaryotes, et l'évolution des différents processus d'épissage pour la déviation des Archéobactérie et des Urcaryote (ancètre des eucaryotes). Je chercherai également a identifier les ancètres principale en utilisant les données compérative de la philogénétique actuelle !
Je vous promet une bonne synthèse claire !
Juste pour dire que le tout à découlé d'une simple intuission (l'évolution des processus d'épissage qui aurait favoriser l'évolution des gènes de développement par la suite sous une forme téléologique fonctionnelle complexe, doté d'attribut modulaire de controle rétroactive et croisés) !
Sous peut je vais créer une nouvelle discussion pour faire suite a celle-ci !
Le lien est a venir plus tard :
Gilles
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